桓仁滑蜥濒危的主要原因是生境的破坏。以前桓仁滑蜥生活在斜坡上的草丛中或石块下，遇到天敌或受到惊吓后常隐于其中。后来，山底的斜坡大多被开垦成农田，使得桓仁滑蜥生活环境遭到了极大的破坏。

除环境因素外，人的猎捕是其群体锐减的另一原因。当地盛传桓仁滑蜥具有治疗癫痫等多种疾病的功效，因此当地人和许多外地人都慕名前来求购，致使每只的交易额在百元以上。这样当地居民就在农闲时大量捕捉桓仁滑蜥，捕获后立即处死、晒干，等待出售。

为保护该物种，应禁猎一段时期以后，进行有计划的捕捉，做到保护、利用双效益。恢复桓仁滑蜥的生存环境。展开种群调查，并建议列为中国国家级重点保护动物。在老秃顶子国家自然保护区建立人工繁育中心。